O CIS de Navegantes oferece atendimento com médicos de várias especialidades clínicas, incluindo nutricionista, endocrinologista, angiologista (vascular), proctologista, dermatologista, pediatra, cirurgião pediatra, neurologista, cirurgião geral, ginecologista, anestesista, mastologista, ortopedista, fonoaudiólogo, psicólogo, cirurgião de pequenas cirurgias e radiologista.
Os atendimentos são realizados por meio de encaminhamento dos clínicos-gerais das Unidades Básicas de Saúde do município.
O CIS de Navegantes concentra todos os serviços antes presentes no Centro Especializado de Saúde (CES) e no Centro de Referência da Mulher e do Homem (CRMH).